素盞鳴命・別雷命・日本武尊・応神天皇・仁徳天皇・神功皇后・舎人親王など12神を祭神とし、平安京遷都以前から建立されていたと伝わる古社。勝運と馬の神社として知られているため騎手や競馬関係者からの信仰も厚い。また、菖蒲の節句発祥の地であり、毎年5月5日には藤森祭（深草祭）が行われる。6月には境内に二ヵ所ある紫陽花苑に約3500株の紫陽花が咲き誇り、「アジサイの宮」として親しまれている。本殿は中御門天皇から下賜されたものである。本殿横には日本書紀の編者であり、文武両道に優れていた舎人親王の崇敬碑が建っている。寛政3年（1791）2月9日に彦九郎が伏見を訪ねた際に拝したと日記に記されている。